Ας τα ξεκαθαρίσουμε, λίγο απλοϊκά...
Ο κυκλοφορητής όσο παίρνει ρεύμα δουλεύει, όταν δεν παίρνει ρεύμα σταματάει. ΔΕΝ ΕΧΕΙ ΚΑΝΕΝΑ ΠΡΟΒΛΗΜΑ (από ότι περιγράφεις).
Ο ελεγκτής πρέπει όταν βλέπει θερμοκρασία στους συλλέκτες 8 - 10 βαθμούς μεγαλύτερη από το boiler, να δίνει ρεύμα στον κυκλοφορητή (μάλλον από τα λεγόμενά σου αυτό είναι ΟΚ), και όταν η θερμοκρασία στους συλλέκτες μειώνεται στους 3-4 βαθμούς πάνω από τη θερμοκρασία στο boiler, να κόβει το ρεύμα προς τον κυκλοφορητή (πρέπει να ελέγξεις τις ρυθμίσεις του controller, αν αυτό είναι έτσι ρυθμισμένο).
Αν υπάρχει ηλιοφάνεια στους συλλέκτες, πρέπει ο κυκλοφορητής να δουλεύει συνέχεια. Δηλαδή πρέπει οι συλλέκτες να παραμένουν σε θερμοκρασία μεγαλύτερη από το boiler, πάνω από 4 βαθμούς. Αυτό επιτυγχάνεται μειώνοντας - ρυθμίζοντας την ταχύτητα του κυκλοφορητή ή στραγγαλίζοντας κάποια ρυθμιστική βάνα στην κατάθλιψή του (αν δεν είναι inverter).
Μερικοί controller (δεν ξέρω για τον δικό σου), έχουν ρύθμιση αντιπαγωτικής προστασίας των συλλεκτών. Δηλαδή όταν η θερμοκρασία στους συλλέκτες πέσει στους 4 οC, στέλνουν νερό από το boiler για μερικά λεπτά, ώστε να ανέβει η θερμοκρασία γύρω στους 10 οC (οι θερμοκρασίες αυτές είναι ρυθμιζόμενες και πρέπει να τις ελέγξεις).
Ελπίζω να βοήθησα....